عالم طب الاسنان : ما هو تخصص المعلوماتية الحيوية Bioinformatics ؟ و ما هي وضائفه

كيف أتعلم Bioinformatics ؟

سنتكلم اليوم بعيدا قليلا عن طب الاسنان لكن ليس خارج المحتوى الطبي ابدا لا على الاطلاق بل انه التخصص الذي احدث ثوره في عالم الطب في الغرب ( اوربا و امريكا ) و دول العالم الاول بالمجمل و اعتقد ان لابد و ان يلحق الشرق الاوسط بهذه الثوره في السنوات القليلة القادمة

* الجزء الأول*

- المعلوماتية الحيوية (Bioinformatics) تخصص عِلمي أصبح معدود من التخصصات الدقيقة بمعني أصح أصبح مطلوب وليه برامج بيُدرس فيها جامعات العالم ذي أمريكا - الصين - اليابان - أوروبا. التخصص فرصه كتير سواء في الدراسة او العمل؛ ولكن للأسف قليل جداً اللي بيتقنه بمعني أصح (الكل أصبحوا بتوع معلوماتية حيوية، ولكن القليل القليل المهرة). ندخل بقي الموضوع.

- المعلوماتية الحيوية ليها فروع بحثية حوالي 10 فروع وهما:

1- Sequence Analysis include: (Sequence assembly, Genome annotation, Computational evolutionary Biology, Comparative Genomics, Genetics of Disease. etc )

2- Genome and Protein Expression:

في الجزء ده بتتعلم تحلل البيانات الناتجة عن تعبير الجِينات المستهدفة في دراستك وكذالك دراسة تعبيرات البروتين وتحليلها بواسطة الأدوات المُتاحه والبرمجيات المُتاحه معاك.

3- Structural Bioinformatics:

الجُزء ده ببساطه بيدرس التنبؤ بتعبير الجِينات وكذالك دراسة التركيب الفيزيائي للبروتينات والجِينات.

4- Network and system biology:

الجزء ده مهمته دراسة الإشارات الناتجة من تفاعل الجينات مع بعضها البعض أو البروتينات مع بعضها البعض ودي بتفيد مثلا في دراسة الــ Metabolic Processes .

5- Software and Tools Development:

في القسم ده بيتم تطوير الأدوات اللازمة لخدمة البحث ذي مثلا تطوير سكريبتات معينه تقوم بوظايف معينه ذي استدعاء البيانات وربطها بــ API معينه مثلا للعمل عليها، وبالتالي يمكن بناء برمجيات خاصة مفتوحة المصدر او خاصة او ترويجها تجاريا بغرض الربح.

6- Developing Datasets:

الغرض منها تطوير قواعد بيانات معينه يمكن إستخدامها فيما بعض يمكن ان تكون هذه القواعد مفتوحه المصدر يمكن علي اي باحث يتطور فيها او خاصه بباحث واحد وبشغله.

7- Bioinformatics Informatics:

ودي خاصة بتحليل البيانات الناتجة عن الــ (Environmental Change, Microbial, Taxonomic analysis)

8- Drug Designing and Developing:

الجزء ده بيتم تطوير الأدوات اللازمة لدراسة الأمراض وبالتالي تطوير الأدوية ومدي تأثيرها علي الجسم - القسم ده حالياً أعتقد بيُدرس في كليات الصيدلة في مصر.

9- Analysis of cellular organization:

الجزء ده بيدرس تنظيم أماكن الجينات داخل الخلايا والبروتينات ومدي التموضع الرياضي الخاص بهم.

10- 3D Genome Chromosome Architecture:(تخصصي الدراسي،والبحثي)

الجزء ده يعتبر حديث نوعاً ما لذالك الداتا المتاحه علي النت قليله جد هتكلم عنه بعدين ﻷنه متعلق اكتر بالــ Biophysics بس ببساطه هو بيدرس الوضع الرياضي للجينات وعلاقتها بمدي التأثير علي تعبيراتها.

--------

طيب أبدء مرحلة التعلم إذاي؟

من وجهة نظري قبل مانتكلم عن طرق التعليم لازم تحدد إنت عاوز تكمل في أي قسم من اللي فوق سواء هتكمل ماجستير او دكتوراه في إنهي تخصص.

- لو بعد البكالوريوس نويت تكمل في النطاق الاكاديمي والبحثي في المعلوماتية الحيوية أولا لازم تتعلم لغة برمجة أنا شخصيا أفضل (Python, R) رغم إن بتقن JAVA & RUBY - ولكن اللغتين اللي ذكرتهم افضل واسهل وأشهر لكن في توقيت ما هتحتاج لغات تانية ولابد من إتقان حاجات تانية متعلقة بالبيانات والمعلومات البيولوجية بس ده لما توصل لمرحلة انك تقدر تطور سوفتوير كامل.

- بعد ماتعلمت تقدر تطبق علي مشاريع بسيطه مفتوحة المصدر هتلاقيها موجودة علي Github يعني لازم تعمل أكونت عليه.

-----------

طيب أجيب بيانات منين أشتغل عليها؟

فيه منصات كتير ذي NCBI فيها كل أنواع البيانات يعني لازم تعرف كويس المنصة واذاي تتعامل مع صيغ ملفات الداتا اللي بتتعامل معاها كويس جداً ﻷن لو عرفت تتعامل مع البيانات اللي معاك هتعرف فيما بعد تتعامل مع البيانات الناتجة من البحث بتاعك بالتالي هتبقي قطعت حوالي 50 % من عملية التحليل اللي عاوز تخوض فيها.

---------

الأفضل Windows, Linux, Mac?

في شغلي انا الخاص بالرسالة للأسف ويندوز مش نافع خالص فا

انا بستخدم لينيكس خصوصا توزيعه Ubuntu؛ لكن لو إنت في البداية ممكن تستخدم ويندوز. لو بتستخدم Mac هيكون في مستوي التوزيعة المهم إنك تعرف تتعامل مع الــ Terminal .

---------

طيب هحتاج حاجة تانية غير تعلم اللغة اللي هكلم بها الجهاز؟

هتحتاج تتعلم الخوارزميات وفنونها - وهتتعلم Genetics Algorthim

طبعا لازم يكون عندك خلفية قوية في الرياضيات - والإحصاء - والData type بجانب تعلمك Problm Solving

ده لو هتتعلم بغرض انك تكون مُطور

---------

طيب لو لازالت في البكالوريوس اعمل إيه. ؟

نصيحتي إتعلم برمجة خصوصا الــ Python تعلم الرياضيات والإحصاء والرياضيات ولازم يكون عندك خلفية في البيولوجي قوية ولاسيما علم الوراثة، وعلم البيولوجيا الجزيئة، والتطورية.

----------

طيب لو إنتهيت من البكالوريوس وحابب اكمل دكتوراه او ماجستير اعمل ايه ؟

سافر، عن طريق منحه للتعلم او علي حسابك الشخصي لو متاح يعني أنا نفسي وجدت ضالتي في الصين خصوصا كلية المعلوماتية الحيوية الطبية - شنجهاي جياو تونج. فيه طبعا ماكس بلانك في ألمانيا بس هتلاقي كل جامعه او معهد بتركز علي جزء معين فالازم تبقي عارف هتعمل ايه ؟

---------------

طيب لو عاوز استخدم المعلوماتية كمجرد مستخدم؟

يكفيك تعلم السوفتوير المناسب لنوع البيانات الخاصة ببحثك او الناتجة عن تجربتك فقط

...........................

مصادر مهمه:

أفضل 50 كورس في المعلوماتية جربت بعضهم

https://www.classcentral.com/subject/bioinformatics

الزميل لالدين (إسم ملحد عارف) بيشرح اذاي تبدء لو مبتدء

https://www.researchgate.net/post/What_are_some_good_online_bioinformatics_courses_for_beginners

مقالة مهمه هتفيدك

https://www.oreilly.com/library/view/bioinformatics-data-skills/9781449367480/ch01.html

منصة مهمة جامعه كل انواع البيانات اللي هتستخدمها في شغلك